14 июня 1996 г. был создан Институт истории им. Шигабутдина Марджани Академии Наук Р. Татарстан.
Институт был образован в соответствии с Указом Президента РТ на базе отделов истории, археологии и этнографии, истории общественной мысли, исламоведения Института языка, литературы и истории им. Г.Ибрагимова АН РТ (ИЯЛИ) для стимулирования научных исследований в области истории Татарстана и татарского народа, подготовки высококвалифицированных кадров. Причиной выделения Института Истории из ИЯЛИ стали идеологические баталии между молодыми историками (Дамир Исхаков, Искандер Измайлов и другие), которые поддерживали золотоордынскую (татарскую) версию происхождения татарского народа и учеными старого толка, придерживающихся булгаристской версии в этногенезе татар.
В 2002 г. Институту присвоено имя выдающегося татарского ученого-мыслителя, религиозного и общественного деятеля Ш.Марджани.
Институт ведет большую работу по выявлению, научной обработке и публикации важнейших источников по истории татар и Татарстана и является единсвтенным в своем роде научным учреждением занимающимся историей татарской нации. Помимо головного отделения в Казани, имеются филиалы Института в Крыму (занимается историей крымских татар), и в г. Санкт Петербург. В настоящее время директором Института является Радик Салихов.
